Agen penyebab virus Japanese encephalitis merupakan virus bersampul genus flavivirus; ia berkait rapat dengan virus West Nile dan virus encephalitis St. Louis. Genome RNA satu untai positif sense dibungkus dalam kapsid, terbentuk dari protin kapsid. Bahagian luar sampul terbentuk dari protin penyampul(E) dan merupakan antigen pelindung. Ia membantu kemasukan virus ke dalam sel. Genome turut mengkod beberapa protin bukan struktur (NS1,NS2a,NS2b,NS3,N4a,NS4b,NS5). NS1 juga dihasilkan dalam bentuk rembesan. NS3 adalah putative helicase, dan NS5 merupakan polymerase virus. Ia telah disedari bahawa virus Japanese encephalitis (JEV) menjangkiti lumen bagi endoplasmik reticulum (ER) dan mengumpul dengan pantas sejumlah besar protin virus bagi JEV.

Japanese Encephalitis di diagnos melalui pengesanan antibodi dalam serum dan CSF (cecair cerebrospinal) oleh ELISA menangkap IgM .